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2012年3月19日 (月)

LEAFY5追加の追加

データをよく見直して分かってきた。興味のある人が地球にいるのか非常に疑問ですが・・・

配列データの末端に注目。ハイブリッドではなくきれいなシークエンスデータが得られる場合は、図のメジャーシグナルの末端と示したところがDNAの末端でそれ以降はシグナルが出ない。ですが、イボレの場合、さらに数bpシグナルが見られます。その数bpの配列をメジャーシグナルの末端と比べると完全に一致しているので、メジャーのシグナルと同じ配列がずれて(7 or 8 bp?)出てきているものだと分かります。イボレ 3n説に基づいて考えると、メジャーなシグナルとして検出される2nの方のDNAに比べ、1nの方のDNAには、7-8 bpの挿入があるのではないか?

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実は、Lehtonenの出してるポルトの配列とウルグアイの配列を比べるとウルグアイには、7 bpの挿入があります。で、イボレのデータとLehtonenのポルトの配列、ウルグアイの配列を並べてみると下の図のようになります。

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図の下に下線を入れたところが、ポルトにはないウルグアイの方にのみある挿入配列です。イボレのシークエンスのチャートを見ると上側の右の方向から読んでいるデータはその挿入部分まではきれいなシグナルが立っていますが、挿入をこえるとメインのシグナルとともにマイナーなシグナルが立ってシグナルが乱れます。下側の左から読んでる方も同様で、挿入より下流側(右側)でチャートが乱れます。(下側の方が分かりやすいですね)

おそらく、イボレは、Lehtonenの出してるポルトに近いDNAを2nとして持ち、ウルグアイのようなポルトに比べると挿入配列を持つDNAをnとして持っているのでしょう。ちゃんと決めたくなってきました。

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