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2012年3月18日 (日)

LEAFY5

深緑・・・・

PCRによるDNA増幅条件、その精製方法を検討したが、何度やっても改善しない。改善しないだけでなく、パターンが毎回同じ。一例としてイボレとスーパーウルグアイを並べたものを示します。上側2つがこの図の配列でいうと右側から配列を読んだもの。下側2つが左側から読んだもの。図の下に入れた矢印のあたりから下流側(上ふたつは矢印より左側、下2つは矢印より右側)のデータが乱れて読めない。

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オシリスなどのハイブリッドのように雌雄由来の配列が塩基のみ異なっている(置換の)場合は、その部分のシグナルがミックスになります。しかし、雌雄由来のDNAの配列が、例えば雄由来の配列の途中に1塩基の挿入があったとします。その場合は、一方から配列を決定していくと、その挿入までは、雌雄とも同じ配列なのできれいに決定できますが、その挿入以降は雌雄の配列がずれるので、データはミックスになり決めることができません。そういうパターンかとも思い、チャートのミックスになった部分を眺めるけど、どうもそう単純ではなさそう。例えば、図の配列の上に225という数字があるところに左からTAACCAACCAという配列があります。上2つデータではその配列の通りのきれいなピークが見られます。下側2つのシグナルがミックスになった部分でも、よく見るとその配列と同じシグナルが強くあがってるんです。最初は、サンプル調製の問題かと思っていたんですが、先に述べたとおり、方法を変えてもパターンが変わらないのでそうではないのかも・・・と考え出した。この2つの深緑は単純なハイブリッドではなく、3nの倍数体ではないのか?雌雄由来のゲノムが2nと1nかつ雌雄のLEAFY領域の配列の長さが異なるのじゃないか?だからミックスになった部分でも、シグナルとしては2n側の方がシグナルが強くなる・・・・。こう考えるとデータの説明がつくように思います。もしそうなら、これは、単純にPCR産物の配列を直接決定しても配列は決まらない!どうしようか・・・

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