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2012年4月22日 (日)

LEAFY8

また、ちょっと時間が空いてしまった。
深緑&珍種のDNA解析。LEAFYのPCR産物をプラスミドにクローンして配列を決定。
いくつかうまくいってないヤツがあり、終了というとこまでいかないが見えてきた。

やはり、深緑は長いLEAFYと短いLEAFYをもっている。それぞれの株の持つLEAFYの長い方を1、短い方を2とする。
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Lehtonenは、オパクス、ポルトは、ここでいう短いLEAFYを2タイプ(互いに塩基置換がある)持っているとしているが、これはまちがい。彼らは、ゲノムよりPCRで増幅したDNAを直接読んだ「ミックスの配列データ」から特殊なプログラムを使って、混ざっている配列を推測しているが、うまくいってないのでしょう。彼らの決めたオパクス、ポルトの一方の配列は、今回決めたオパクス等の配列と一致しますが、もう一方はどのエキノとも一致しない特殊なものとなっていて、後者の配列は間違いなんでしょう。

クラスタリング解析をします。
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まず、深緑の短い方ですが、これは、2タイプあって、オパクス、スーパーウルグアイ、パラグアイアを含む「オパクス・ポルト2型」とイボレ、サンタマリアを含む「16.5型」。前者がロンギスカプスに、後者がグランディフロリスに近縁です。イボレ、サンタマリアが、オパクス、スーパーウルグアイ、パラグアイに比べて大きくなるのは、グランディの血でしょうか?

長い方のLEAFYですが、こちらも2タイプ。オパクス、スーパーウルグアイは、系統的に「オパクス・ポルト2型」に近縁の配列です。一方、サンタマリア、イボレ、パラグアイは、ウルグアイエンシスと同じ配列を持ちます。

また、うちにある 人からもらった入手ルート不明のポルトですが、これがまたややこしい。長い方は、ウルグアイエンシスでいいのですが、短い方の配列が問題。今回配列を決定した中に4クローンあったんですが、これがはっきりと2-2の2タイプに分かれるので、2タイプありそうで、オパクスポルト2型と16.5に近縁のもの2つもってそう。こいつは、ファーム由来の株かもしれません。

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黄緑の珍種!のほうですが、モンテカセロスは、ウルグアイとグラウカスに近縁種のハイブリッド!以前、ある方のブログで、モンテカセロスの水上葉が、グラウカスのように粉を吹くと紹介されてましたが、やはり、グラウカスの血!が入ってるんですね。

グイヤネンシス、ブリードオシリスは、前回述べたとおり。構成としては深緑と同じなのに、こいつらは黄緑。深緑とは?というのを調べるのに、いい比較対照です。次は、葉緑体ゲノム上の配列を調べて、長い方と短い方が雌雄どちらからきてるのか、調べないといけないのかも。また、不明ポルトが、3種類のLEAFYを持っているので、こいつが倍数体であるのは確実。やはり染色体数を調べる必要もある。

赤系改良品種のもとになった、ホレマニーレッド。こいつは、オシリス、アフリカヌスと同じLEAFYを持つハイブリド。是非その表現を見てみたいのだが、国内にあるのか、また入手できるのか、よく分からない。これじゃないのかということで、ラタイのウルグアイレッドの葉っぱをもらって調べてみたが、これは、ウルグアイエンシスにグランディの近縁種がかかっているようで、こいつではない!・・どこかにないものか。某店主の方、探してください。

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